По смерти Патриаха Адриана в 1700 году Петр I воспретил избрание нового патриарха и по прошествии 20 лет учредил Духовную Коллегию, вскоре переименованную в Святейший Синод, который, являясь государственным органом, исполнял функции общецерковного управления с 1721 по август 1917, — с императором в качестве «Крайнего Судии сей Коллегии».

Вплоть до времени Всероссийского Поместного Собора 1917—1918 годов основным внешним регулирующим документом для Церкви являлся Духовный Регламент 1721 года , а позже также Устав Духовных Консисторий.

При Петре I духовенство окончательно превратилось в замкнутое сословие, доступ в которое лиц из прочих сословий в интересах государственной службы и тягла был практически закрыт. Возникшая при Петре система духовных школ (семинарий и духовных училищ) также носила сословный характер. Образование устроялось по малороссийскому образцу: господствовала латынь (и как предмет, и как язык обучения) и схоластика.

В 1763 и 1764 году рядом указов были упразднены Монастырские вотчины и введены штаты. В результате Российская Церковь перестала играть роль важнейшего субъекта социально-экономической жизни страны. Духовенство потеряло финансовую независимость и оказалось на содержании государственной казны, превратившись в особую категорию чиновничества. Четыре пятых монастырей в Великороссии было упразднено в результате секуляризации монастырских владений. Декоммерциализация жизни обителей была одним из факторов, способствовавших некоторому духовному возрождению, начавшемуся в отдельных монастырях с конца XVIII века, возрождению и распространению в XIX веке такого явления, как старчество.

В XIX веке наиболее значительными фигурами в церковной политике были Московский митрополит (1821—1867) Филарет (Дроздов) и обер-прокурор Святейшего Синода (1880—1905) К. П. Победоносцев. Первый, будучи блестящим проповедником, догматистом и администратором, сыграл значительную роль в становлении русской духовной школы, свободной от латинской схоластики. Второй, проводя охранительную политику и пользуясь значительным влиянием на Александра III, содействовал дальнейшей социальной изоляции духовенства и падению престижа Церкви в обществе. В XIX веке происходила почти полная секуляризация и фактический отход от Церкви образованных слоёв русского народа. Одновременно, в конце столетия наблюдалось заметное пробуждение интереса к религии в среде творческой интеллигенции, возникло движение за обновление церковной жизни и восстановления соборного начала в управлении, провозвестниками которого были А. С. Хомяков, В. С. Соловьев, Л. А. Тихомиров и др. Так, В. Соловьёв писал в 1881 году: «Собор Русской Церкви должен торжественно исповедать, что истина Христова и церковь Его не нуждается в принудительном единстве форм и насильственной охране <...> Отказавшись, таким образом, от внешней полицейской власти, церковь приобретёт внутиренний нравственный авторитет, истинную власть над душами и умами. Не нуждаясь более в вещественной охране светского правительства, она освободится от его опеки и станет в подобающее ей достойное отношение к государству.»

В 1901—1903 годах в Санкт-Петербурге проходили «религиозно-философские собрания» представителей светской интеллигенции и духовенства под председательством епископа Ямбургского Сергия (Страгородского); окончательно вызревает мысль о необходимости созыва поместного собора и реорганизации высшего церковного управления. По Высочайшему Указу правительство во главе с графом С. Ю. Витте в декабре 1904 года начало разработку законопроекта Об укреплении начал веротерпимости, изданного Высочайшим Манифестом 17 апреля 1905 года.

Следствием изменившегося законодательства стала ситуация, когда Православная Церковь, лишившись своих прежних государственно-правовых привилегий, фактически оказалась в роли дискриминируемого исповедания, так как продолжала пребывать под прямым государственным контролем. Попытки первенствующего члена Синода Антония (Вадковского) найти пути для исправления ненормального положения торпедировались Победоносцевым.

Тем не менее, в ответ на начавшуюся в среде епископата дискуссию о каноническом строе церковного управления, 16 января 1906 года Николай Второй утвердил состав «Предсоборного Присутствия» — комиссии по подготовке к Собору, — открывшегося 8 марта 1906 года. Но в условиях реакции после смуты 1905 года Двор рассматривал требования о созыве Собора как революционные настроения в «ведомстве православного исповедания». 28 февраля 1912 года при Синоде было учреждено Предсоборное Совещание (в более ограниченном составе, чем Присутствие) под председательством архиепископа Волынского Антония (Храповицкого) для «всякого рода подготовительных к Собору работ, в коих может оказаться необходимость».

В конце данного периода возник ряд радикальных националистических и монархических движений, во многом опирающихся в своей идеологии на русское православие: «Союз Русского Народа», «Чёрная Сотня», «Союз Михаила Архангела».

Падение монархии в России 2 марта 1917 года церковная иерахия в своём большинстве встретила либо равнодушно, либо сочувственно . 6 марта Святейший Синод на своём заседании издал Определение № 1207 Об обнародовании в православных храмах актов 2 и 3 марта 1917 г., гласившее, в частности: «Означен­ные акты принять к сведению и исполнению и объявить во всех православных храмах, в го­родских — в первый по получении текста сих актов день, а в сельских — в первый воскрес­ный или праздничный день, после Божественной литургии, с совершением молебствия Гос­поду Богу об утишении страстей, с возглашением многолетия Богохранимой Державе Рос­сийской и Благоверному Временному Правительству ея.» Бывший тогда товарищем Обер-прокурора Синода князь Н.Д. Жевахова, находясь впоследствии в эмиграции, в 1920-е годы, вспоминал о «памятном» заседании Святейшего Синода 26 февраля 1917, когда Петроград был полностью парализован смутой: первенствующий член Синода митрополит Киевский Владимир (Богоявленский) отверг предложение князя обратиться с воззванием к населению, которое, по мысли князя, должно было стать «грозным предупреждением Церкви, влекущим, в случае ослушания, церковную кару», сказав ему: «Это всегда так. Когда мы не нужны, тогда нас не замечают: а в момент опасности к нам первым обращаются за помощью». Примечательно, что Жевахов объяснял такое поведение членов Синода не как «отказ высшей церковной иерархии помочь государству в момент опасности, а самым заурядным явлением оппозиции Синода к Обер-прокуратуре».

29 апреля 1917 года, реорганизованный новым Обер-прокурором В. Н. Львовым Синод обратился с Посланием к архипастырям, пастырям и всем верным чадам Российской Православной Церкви, которое объявляло о введении выборного начала в церковном управлении и возвещало о созыве Поместного Собора. Летом 1917 года проходили выборы епископов по епархиям — явление беспрецедентное в синодальный период: на соответствующие кафедры были избраны Тихон (Беллавин) в Москве, Вениамин (Казанский) в Петрограде, Сергий (Страгородский) во Владимире.